San Juan del Cesar: Historia
Históricamente la región fue habitada por indígenas Tupes, Coyaimas, Conopans y Marocazos, hasta la llegada de los colonizadores españoles bajo el mando del sargento Félix Arias, quien fundó la localidad el 24 de junio de 1701.
Los españoles y criollos formaron extensas haciendas en la región para la ganadería y la agricultura. Durante el siglo XX, el municipio de San Juan se convirtió en uno de los más prósperos del Magdalena Grande y luego del departamento de La Guajira.
A partir de la década de 1980, en medio del conflicto armado colombiano, los grupos guerrilleros como las FARC y el ELN empezaron a incursionar en la zona secuestrando, extorsionando y asesinando a los finqueros. Las guerrillas atacaron el principal sustento de la economía en la región, lo que ocasionó el desplazamiento de gran parte de la población hacia Valledupar o Riohacha. Las FARC en particular usaban el corredor del municipio de San Juan del Cesar entre el mar Caribe, la Sierra Nevada de Santa Marta, la serranía del Perijá y Venezuela para el transporte de armas, secuestrados y droga.
Grupos paramilitares afiliados a las Autodefensas Campesinas de Córdoba y Urabá (ACCU), llamadas luego Autodefensas Unidas de Colombia (AUC), empezaron a incursionar en el sur de La Guajira en 1997, incluyendo San Juan, para quitarle el control de armas, narcotráfico e influencia a las guerrillas de las FARC y el ELN. Dos de sus máximos líderes fueron capturados temporalmente en San Juan del Cesar en esta época; Rodrigo Tovar Pupo, alias Jorge 40, y Salvatore Mancuso.
En la región, las AUC extorsionaban, robaban a los ganaderos y agricultores y amedrentaban a la población civil. En 2002, paramilitares del Frente Contrainsurgencia Wayúu de las AUC perpetraron una masacre en San Juan del Cesar, asesinando a cuatro personas.
El 14 de agosto de 2002 el Frente 59 de las FARC realizó un ataque terrorista en el corregimiento Villa del Río del municipio de San Juan del Cesar, donde asesinaron a cuatro personas.