Mata de São João: História
Por volta do ano 1000, a região ocupada atualmente pelo município foi invadida por povos tupis procedentes dos vales dos rios Madeira e Xingu, afluentes da margem direita do rio Amazonas, que expulsaram as tribos indígenas locais, falantes de línguas do tronco linguístico macro-jê, para o interior do continente. Quando os primeiros navegadores europeus chegaram à região, no século XVI, a mesma era ocupada pela tribo tupi dos tupinambás.
Em 1549, a comitiva do governador-geral Tomé de Sousa vinda de Portugal chegou a Salvador. Junto com ela, veio Garcia de Sousa d'Ávila, que, em 1551, começou a construir a Casa da Torre - na então Tatuapara -, na atual Praia do Forte, em Mata de São João, com a finalidade de fiscalizar as embarcações que se dirigiam a Salvador. A fortificação só veio a ser concluída em 1624. Ela veio a se constituir no núcleo do maior latifúndio das Américas, o qual se estendia da Bahia até o Maranhão com plantações de coco e de cana-de-açúcar e criação de gado, movidas pelo trabalho escravo de índios e negros.
No início do período colonial, chegou a abrigar o porto de Tatuapara, na enseada de Tatuapara, local para estabelecimento do comércio internacional e ponto mais ao norte para onde as correntes marinhas levavam.
O povoado foi elevado a vila em 1846. No século anterior, porém, o território matense atual pertenciam a Água Fria e Espírito Santo de Nova Abrantes.