San Juan Atitán: Historia
El poblado donde se asienta San Juan Atitán ya existía mucho antes de la época colonial. El cronista Francisco Antonio de Fuentes y Guzmán menciona en su obra Recordación Florida el aspecto terrestre del municipio mencionando lo siguiente:
«...más entrañado que otro alguno en la aspereza de la sierra», dando a entender que la naturaleza de la región es escarpada y pedregosa. También menciona que en el mes de septiembre de 1692 hubo un incidente geológico en donde los pobladores salieron afectados.
Tras la Independencia de Centroamérica, la constitución política del Estado de Guatemala decretada el 11 de octubre de 1825 dividió al Estado en once distritos para la impartición de justicia; de esta cuenta, San Juan Atitán estuvo en el circuito de Huehuetenango en el distrito N.º 9 (Totonicapán) junto con Huehuetenango, Nectá y Usumacinta, Aguacatán, Chalchitán, la Cordillera, Moscoso, Todos Santos, San Martín, el Trapichillo, Guaylá, Colotenango, San Ildefonso Ixtahuacán, Ichil, Santa Bárbara, Malacatán, San Ramón, San Lorenzo, Santa Isabel, San Sebastián, Chiantla y Santiago Chimaltenango.
A partir del 3 de abril de 1838, San Juan Atitán fue parte de la región que formó el efímero Estado de Los Altos, el cual fue autorizado por el Congreso de la República Federal de Centro América el 25 de diciembre de ese año forzando a que el Estado de Guatemala se reorganizara en siete departamentos y dos distritos independientes el 12 de septiembre de 1839:
Departamentos: Chimaltenango, Chiquimula, Escuintla, Guatemala, Mita, Sacatepéquez, y Verapaz
Distritos: Izabal y Petén
El 25 de enero de 1840 tras meses de tensión se produjo la guerra entre ambos estados, y el general Rafael Carrera venció a las fuerzas del general Agustín Guzmán e incluso apresó a este mientras que el general Doroteo Monterrosa venció a las fuerzas altenses del coronel Antonio Corzo el 28 de enero. El gobierno quetzalteco colapsó entonces, pues aparte de las derrotas militares, los poblados indígenas abrazaron la causa conservadora de inmediato; al entrar a Quetzaltenango al frente de dos mil hombres, Carrera fue recibido por una gran multitud que lo saludaba como su «libertador».
Carrera impuso un régimen duro y hostil para los liberales altenses, pero bondadoso para los indígenas de la región —derogando el impuesto personal que les habían impuesto las autoridades altenses— y para los eclesiásticos restituyendo los privilegios de la religión católica. El 26 de febrero de 1840 el gobierno de Guatemala colocó a Los Altos bajo su autoridad y el 13 de agosto de nombró al corregidor de la región, el cual servía también como comandante general del ejército y superintendente.
En el siglo xx sucedió otro fenómeno geológico en el mes de octubre del año 1970. Fueron hundimientos que afectaron gravemente al municipio agrietando varias casas y edificios como la escuela. Actualmente existen pruebas de lo ocurrido en ese año ya que varias casas e instalaciones tienen enormes grietas en sus paredes por la humedad que provocó el incidente.