山梨市: 歴史
旧牧丘町、旧三富村域の歴史については牧丘町#歴史、三富村#歴史を参照。
県内には山麓地域を中心に後期旧石器時代遺跡が分布しているが、市域には旧石器時代の遺跡はないものの、1961年（昭和36年）に兄川河床からナウマンゾウの化石が出土している。これは3万年前から10万年前と推定されている臼歯などの化石で、人類史との関わりからも注目されている。
一般に甲府盆地底部の扇状地は河川の氾濫原であったため縄文時代の遺跡は少ないが、市域底部を流れる笛吹川や支流流域は他各地と比べ比較的安定的であったため、縄文遺跡が広く分布している。後期旧石器時代から縄文時代草創期には八ヶ岳山麓地域を中心に遺跡が分布しているが、市域では東後屋敷遺跡から出土している掻器が縄文草創期である可能性が考えられており、早期には県内各地でも特徴的な押型文土器が市域から広く出土している。盆地東部では縄文早期に花鳥山遺跡や釈迦堂遺跡群（ともに笛吹市）などの大規模集落が出現しているが、市域では集落の遺構は確認されていないものの、集落に伴う諸磯式土器が発見されている。
弥生時代には唯一の集落遺跡として上石森の堀ノ内遺跡がある。弥生後期の遺跡である堀ノ内遺跡は水田遺構の検出例は無いものの、弥生土器に加えて稲作文化に関係する石包丁、土製紡錘車などが出土しており、中央高地系文化の影響を受け東海地域の影響が少ないことが指摘されている。古墳時代には盆地南部の曽根丘陵地域において前期古墳（中道勢力）が営まれるが、市域を含む盆地東部では弥生時代以来の墓制である方形周溝墓が築造され、前期古墳は見られない。古墳後期には中道勢力が後退して古墳の築造が盆地各地へ拡散し、市域でも6世紀後半代から古墳の築造が開始され、上岩下の岩下古墳群や山根古墳群などの後期古墳が分布している。
古代の律令制下においては甲斐国山梨郡に属する。市域に関する最古の文献資料は正倉院宝物の白絁金青袋端書の墨書で、市域にあたる「山梨郡可美里」の日下部某があしぎぬを貢進していたことが記されている。また、奈良・平安遺跡としては日下部遺跡があり、学史上においても重要視された遺跡としても知られる。
中世には牧荘、小原荘、大八幡荘などの荘園が記録に残っている。平安時代後期には甲斐源氏の一族が甲府盆地の各地へ進出して勢力を拡大するが、市域を含む安田郷は甲斐源氏の一族である安田氏が本拠とし、小原（山梨市小原）には安田氏の館跡がある。鎌倉時代から戦国時代にかけて甲斐国は守護である武田氏の支配下にあったとされるが、牧荘については鎌倉時代後期に他氏の支配が確認されている。
三ヶ所には中世の豪族屋敷跡である連方屋敷が所在し、かつては戦国期の武田氏蔵前衆・古屋氏の居館と評価されていたが、現在では考古学的観点から南北朝・室町期の守護居館とする見方が提唱されている。
戦国時代には甲斐守護・武田信昌が落合に隠居し、「落合御前」と呼ばれた。市域には信昌の菩提寺である永昌院の存在や信昌嫡男・武田信縄の館跡が所在する。戦国時代の甲斐の守護所は川田館（甲府市川田町・笛吹市石和町）に置かれていたが、信縄の子・信虎の時代には躑躅ヶ崎館（甲府市古府中町）が建設され、府中は甲府へ移転する。
甲斐武田氏の滅亡後、甲斐は徳川氏を経て豊臣大名の羽柴秀勝、加藤光泰、浅野長政・幸長父子が配置される。市域では羽柴氏時代の史料は残されていないが、加藤氏時代には甲斐支配の実務を担当した西川吉久が海鳥寺に対して人足役を免許した証文が残されているほか、天正19年（1591年）に加藤光泰が永昌院や信盛院、窪八幡神社に対して所領を安堵した判物が残されている。
浅野氏時代には、甲斐の支配において江戸時代まで引き継がれる九筋二領の行政区分が敷かれ、市域では万力筋・栗原筋が設定され、栗原筋に関しては浅野出羽守・鍋田善右衛門尉・須田七郎左衛門尉が筋奉行を担当している。また、市域における浅野家臣への知行割に関しても史料が残されている。また、浅野氏時代には青梅往還と秩父往還が合流する後屋敷に新町を設置し、金峰山への参詣道である金山道を引き入れた。新町には市場を開設し、付近の住民には諸役免許を行っている。
近世には、市域の諸村は甲府藩領を経て幕府直轄領となる。徳川氏領有時代から豊臣大名時代、幕府直轄領時代にかけて甲斐では検地が実施され、貞享元年の検地で29か村が成立した。また、市域には14か村の旗本領や御三卿領である田安家領、清水家領が含まれ、両家領の陣屋も存在している。
甲州街道や青梅街道、秩父往還などの諸街道が整備され、市域では甲州街道の栗原宿を中心に交通の要衝地となる。文化面では『甲斐名勝志』を記した萩原元克や小島蕉園、早川漫々などの文人も出現する。
明治期には藤村県政における差出の磯の道路開削で青梅街道の開削や亀甲橋の架橋が行われ、市域には東山梨郡役所が設置され東山梨郡行政の中心地となる。1903年（明治36年）には中央線日下部駅（山梨市駅）が開業。また、正徳寺出身の根津嘉一郎（初代）は甲州財閥の一人として財界で影響力を持ち、地元においても根津橋の架橋を行っている。
太平洋戦争末期の1944年（昭和19年）から1945年（昭和20年）にかけて、山梨市南では地下壕が掘削され、兵器貯蔵庫として東京陸軍兵器補給廠山梨分廠が設置された。
戦後には米麦栽培や養蚕を中心とする農業から果樹栽培へと転換する。
1957年（昭和32年）7月9日、昭和天皇、香淳皇后が太平醸造のワイン工場に行幸啓。後に政治家となる金丸信が、社長として天皇に工場の説明や案内を行った。また、この後、下栗原の洪水被災地跡を1947年（昭和22年）に引き続き視察している。
1954年（昭和29年）には古屋俊一郎が初代市長に就任し、1986年（昭和61年）まで8期連続で市長を務める。古屋市政では財政健全化や社会資本整備、市有林の設置などが行われた。
1954年（昭和29年）7月1日 - 東山梨郡日下部町・加納岩町・山梨村・八幡村・岩手村・後屋敷村・日川村が合併して山梨市発足。
2005年（平成17年）3月22日 - 山梨市は当初は東山梨合併構想に参加し、合併協議会は新市名公募に関し現市町村名を除外した候補を公募することで合意していたが、土壇場になり山梨市長が急遽反対を表明して合併協議から離脱した。その後、協議を離脱した東山梨郡牧丘町・三富村と合併し、改めて山梨市が発足。
2015年（平成27年） - 市制施行10周年記念事業として山梨市民歌を制定。詩人の覚和歌子が「歌詞づくりワークショップ」を通して歌詞を編集。作曲は山梨市出身の作曲家・小林真人。