San Rafael La Independencia: Historia
=== Tras la Independencia de Centroamérica ===
Los primeros pobladores que habitaron el municipio de San Rafael La Independencia fueron gente de etnia akateka cuando llegaron al territorio de Huehuetenango, es por eso que la población de esa raza en el municipio es casi absoluta. El municipio formaba parte anteriormente del municipio de San Miguel Acatán como aldea.
A partir del 3 de abril de 1838, el poblado de San Rafael fue parte de la región que formó el efímero Estado de Los Altos y que forzó a que el Estado de Guatemala se reorganizara en siete departamentos y dos distritos independientes el 12 de septiembre de 1839:
Departamentos: Chimaltenango, Chiquimula, Escuintla, Guatemala, Mita, Sacatepéquez, y Verapaz
Distritos: Izabal y Petén
La región occidental de la actual Guatemala había mostrado intenciones de obtener mayor autonomía con respecto a las autoridades de la ciudad de Guatemala desde la época colonial, pues los criollos de la localidad consideraban que los criollos capitalinos que tenían el monopolio comercial con España no les daban un trato justo. Pero este intento de secesión fue aplastado por el general Rafael Carrera, quien reintegró al Estado de Los Altos al Estado de Guatemala en 1840.
El 21 de mayo de 1924, se tomaron 64 km² de San Miguel Acatán para formar el municipio de San Rafael La Independencia. El límite con San Miguel Acatán se oficializó el 1 de julio de 1931.