San Rafael las Flores: Historia
El municipio fue creado el 2 de marzo de 1860 por el gobierno del general Rafael Carrera. Hasta entonces había formado parte del municipio de Mataquescuintla, y compartía terreno con el también nuevo municipio de San Carlos Alzatate; sin embargo debido a su gran extensión territorial los dos lugares se dividieron en dos municipios independientes de acuerdo a la demografía sus habitantes: los indígenas se quedaron en San Carlos Alzatate mientras los ladinos ocuparon el terreno del municipio de San Rafael, y se establecieron en el departamento de Santa Rosa.