Municipio de San Miguel el Alto: Historia
=== Historia y población ===
Los primeros pueblos que habitaron la región fueron las naciones chichimecas, nombre que daban los mexicas a un conjunto de pueblos originarios que habitaban el centro y norte del país.
Las bajas que tuvieron los conquistadores españoles en la región debido a los ataques Chichimecas, los condujeron a contestar con una táctica bélica de etnocidio. Llevaron a los Altos de Jalisco a milicianos rurales castellanos, algunos de ellos de ascendencia francesa, conducidos en la alta Edad Media para repoblar el centro de España. No obstante igualmente los hubo portugueses, italianos y oriundos de Flandes, que con anterioridad habían luchado contra turcos y moros. Estos soldados campesinos se establecieron con patrones de propiedad privada y con una ideología católica, mezclándose con algunos chichimecas que habían quedado.
Poblado precortesiano, se llamó primitivamente Atonayalco que significa: “al otro lado del río”. Perteneció al señorío de los tecuexes; su fundación se remonta al año 1187. El santo patrono del pueblo es San Miguel Arcángel, de donde le viene su nombre, además de pertenecer a la Región Altos Sur.
En 1530 Cristóbal de Oñate conquistó este territorio. A mediados del siglo XVI se repobló con familias procedentes de Nochistlán; en 1542 se mandó la demarcación del sitio en que debía extenderse como pueblo el villorrio de San Miguel del Ojo de Agua, denominación que hubo de cambiar por la de San Miguel de los Alcalanes antes de tomar su nombre actual, ya que en 1571 unos españoles apellidados Alcalá y dueños de La Calma, obtuvieron de los indios la licencia para establecerse en la parte oriental de la capilla levantada por Fray Miguel de Bolonia.
En 1813 las fuerzas realistas, al mando de Pedro C. Negrete y Ángel Linares, llegaron al pueblo y con pretexto de que había muchos insurgentes diezmaron la población.[cita requerida] El primer ayuntamiento tomó posesión el 17 de abril de 1822. En el decreto del 27 de marzo de 1824 ya se menciona a San Miguel el Alto como municipalidad y se dispuso que perteneciera al departamento de San Juan de los Lagos.
En lo eclesiástico fue erigido cabecera de curato en 1832 y dejó de pertenecer a Jalostotitlán. En 1837, San Miguel el Alto es cabecera de partido y pertenece al distrito de Lagos.
Por decreto número 184, publicado el 26 de junio de 1870, pasó al 11° cantón de Teocaltiche, al formarse éste. En el decreto número 591 del 31 de mayo de 1880, se le concedió al pueblo de San Miguel el Alto el título de villa; y el 25 de agosto de 1970, se publicó el decreto número 8615 el cual elevó a la categoría de ciudad a dicha villa.
En 1925 se produjo el levantamiento en armas por la Guerra Cristera. El 25 de agosto de 1970 se elevó a la categoría de ciudad a San Miguel el Alto, cabecera del municipio del mismo nombre. El 30 de marzo de 2001 el INAH declara a San Miguel el Alto como Zona de Monumentos Históricos, Patrimonio Histórico y Arquitectónico de la Nación.