三島駅: 歴史
当駅は1934年（昭和9年）に開業した。丹那トンネル開削に伴う熱海 - 沼津間の開通に合わせての開業である。この三島駅は2代目であり、長泉村（現：長泉町）にあった初代三島駅こと下土狩駅と区別するため、「三島新駅」と呼ばれた。
1889年（明治22年）に東海道線が国府津駅から静岡駅まで、現在の御殿場線経由のルートで開通した際、東海道の宿場町・三島宿として栄えた三島町に駅は開設されなかった。その理由は、町の人々が鉄道建設に猛反対したため（鉄道忌避伝説）とも、積極的な誘致活動を展開したが地勢の都合で鉄道を通せなかったためともいわれる。
いずれの理由にしろ、鉄道が通らなくなり、人の流れから外れた三島町は寂れた。苦境を脱するために、1891年（明治24年）に隣の長泉村に駅を開設するよう国に請願したが、却下された。そんな中、東海道本線から伊豆半島中部温泉地への便を図る目的で、沼津から大仁に至る「豆相鉄道」（伊豆箱根鉄道駿豆線の前身）の計画が立てられた。その話を聞いた三島町では土地の無償提供まで行って誘致を行い、三島町を経由して長泉村で東海道線と接続するように計画を変更させた。これが功を奏し、東海道線が開通した9年後に豆相鉄道線の分岐駅として、ようやく現在の下土狩駅である初代三島駅が設置されたのである。
その後、丹那トンネルを開削し、勾配のきつい御殿場経由から熱海経由に東海道本線のルートを変更させようという計画が発表された。三島町ではその話を聞くや明治時代の二の舞は起こすまいと、当初丹那トンネルの出口に当たる函南から直線ルートで沼津まで抜け、三島市街を通過せずその南を通るルートが取られる予定であったのを、当時の鉄道院総裁であった後藤新平の元へ三島町長が直接請求をするなど当初から積極的な誘致を行い、市街北部を通過させる計画に変更させ、現在地に新しい三島駅を開設させた。それに合わせて以前の三島駅を下土狩駅に改称し、豆相鉄道改め駿豆鉄道の起点も新しい三島駅に変更された。三島町ではようやく市街地近くに東海道本線の駅が開設された事を大いに喜び、新駅の開業日には富士山を模した駅舎の前に同じ形のアーチが組まれ、同町のみならず、周辺からの人も集めて盛大な式典が催された。また夜になると、アーチには電飾が翌朝まで灯されたといわれる。
新幹線の駅は、新幹線の開業翌年から在来線駅に隣接して保線基地や車両基地・信号場が設けられたが、駅は設置されなかった。しかし開通後、駿河銀行の岡野豪夫頭取などを中心に地元からの強い要望があり、開業5年目の1969年（昭和44年）4月に当駅にもホームが開設された。これは、新幹線の新駅第1号となるものでもあった。
1934年（昭和9年）12月1日：丹那トンネル開業に伴う東海道本線のルート変更と同時に三島駅（2代目）として開業、旅客・貨物営業開始。同時に駿豆鉄道線（現在の伊豆箱根鉄道駿豆線）が乗り入れ。
1952年（昭和27年）4月4日：函南村内で開催された第4回全国植樹祭に合わせて、昭和天皇、香淳皇后のお召し列車が発着。
1965年（昭和40年）
4月8日：長泉町内に「新幹線三島電留線基地計画」が確定したのを契機に、「国鉄新幹線静岡県東部地域新駅設置期成同盟会」が設立される。
9月27日：東海道新幹線に三島信号場を開設。折返線と引上線を設置（後に電留線も設置）。
1967年（昭和42年）11月8日：国鉄理事会で、三島での新駅設置が正式に決定する。
1968年（昭和43年）4月9日：駅舎の着工。
1969年（昭和44年）
4月4日：駅舎の完成。
4月25日：東海道新幹線の駅が従来の三島信号場を格上げする形で開業。
1970年（昭和45年）：新幹線のホームが16両対応に延伸される。
1974年（昭和49年）10月1日：貨物の取扱範囲を専用線発着の車扱貨物のみに縮小。
1984年（昭和59年）2月1日：伊豆箱根鉄道線連絡車扱貨物の取り扱いが終了、廃止。
1986年（昭和61年）11月1日：荷物の取り扱いを終了。
1987年（昭和62年）4月1日：国鉄分割民営化により、国鉄の駅はJR東海とJR貨物の駅となる。
1989年（平成元年）7月17日：第15回参議院議員通常選挙の候補者・櫻井規順（日本社会党）の選挙活動において、陣営の幹部らの要請により、「ひかり」を当駅で臨時停車させた事件が発生。
1992年（平成4年）
3月1日：地下通路にエスカレーターが設置される。
4月：エスカレーターに公募による愛称として「ゆうロード・三島」と名付けられる。
1993年（平成5年）2月6日：在来線改札口に自動改札機を導入。
1995年（平成7年）12月27日：三島駅乗客転落事故が発生。
1998年（平成10年）3月10日：新幹線改札口に自動改札機を導入。
2001年（平成13年）9月3日：第3回「中部の駅百選」に選定される。
2002年（平成14年）3月15日：伊豆箱根鉄道改札口に自動改札機を導入。
2003年（平成15年）10月1日：東海道山陽新幹線のダイヤ改正により「ひかり」が増停車。
2007年（平成19年）5月：東レ専用線廃止。その後、2008年3月15日のダイヤ改正で、当駅を発着する貨物列車の設定が廃止された。
2008年（平成20年）
3月1日：東海道線でICカード「TOICA」の利用が可能となる。
6月6日：アスティ三島（駅構内の商業施設）がグランドオープン。
2013年（平成25年）8月：駅舎の耐震補強工事が完了、新駅舎の使用を開始。
2014年（平成26年）7月17日：アスティ三島サウスの増設部分が開業。
2020年（令和2年）
1月8日：駿豆線三島駅構内の「三島駅そば処」が駅改修工事に伴い閉店。
1月14日：駿豆線駅の改修工事を実施（6月30日まで）。
2022年（令和4年）9月28日：JR東海ツアーズ三島支店が閉店。
2023年（令和5年）8月4日：伊豆箱根鉄道が駿東郡長泉町で食品事業などを手掛ける東平商会との副駅名権のスポンサー契約による副駅名「伊豆と箱根のおいしさをとどける 東平商会」の使用を開始し、副駅名を含む駅名標の除幕式を開催。
2024年（令和6年）4月24日：伊豆箱根鉄道は同社として初の立体看板を設置。鋳物製造販売の木村鋳造所（清水町）が、鋳物づくりの型として使う発泡スチロールの加工技術を生かして制作した。
2026年（令和8年）3月14日：南口にサポートつき指定席券売機を導入（予定）。