Mocoa: Historia
En 1541 la localidad tuvo sus orígenes por obra de don Pedro de Agreda
En búsqueda de la leyenda de El Dorado el conquistador Hernán Pérez de Quesada llegó a esta localidad en 1542 como parte de su travesía
La ciudad fue fundada con el nombre de San Miguel de Agreda de Mocoa el 29 de septiembre de 1563 por el Capitán Gonzalo H. de Avendaño.
En 1630 el poblado fue atacado por los indígenas andaquíes, quienes lo incendiaron casi por completo. Debido a los frecuentes ataques contra la población, se determinó que esta fuera trasladada a su actual ubicación sobre la ribera del río Mocoa a la altura de las bocas de los ríos Mulato y Sangoyaco.
En 1857 Mocoa era la capital del territorio del Caquetá, que pertenecía al Estado Soberano del Cauca de los Estados Unidos de Colombia, su administración estaba a cargo del gobierno federal, el cual nombraba a un prefecto para la dirección de este territorio. Entre sus funciones, el prefecto del Caquetá debía fomentar el poblamiento de las poblaciones ya existentes en el área Mocoa, Sibundoy, San Diego, San Miguel, Aguarico, Yunguillo y Pacayaco, dar amparo a los misioneros, esforzarse para que los indígenas vivieran en poblaciones fijas para lo cual era indispensable aprender los idiomas nativos, y vigilar las fronteras del territorio con los países vecinos.
El territorio comprendía todo el suroriente de la actual Colombia. Limitaba con los estados colombianos del Tolima, Cauca y Cundinamarca, junto con las naciones fronterizas del Ecuador, Venezuela y Brasil, abarcando así los actuales departamentos del Guainía, Vaupés, Guaviare, Caquetá, Putumayo y Amazonas, la provincia ecuatoriana de Sucumbios, una parte del estado venezolano de Amazonas, el norte del departamento peruano de Loreto y gran parte del estado brasileño de Amazonas.
Para 1871 el pueblo contaba con 5 cuadras edificadas de casas en precarias condiciones. En 1876 Mocoa se convirtió en un centro de comercio de la Quina y del Caucho.
El 18 de febrero de 1905 es creada la Comisaría del Putumayo.
En 1953 la población fue elevada a la categoría de municipio, como parte del departamento de Nariño hasta 1957, cuando la Junta Militar de Gobierno, dispuso su separación.
En 1968 se cuando se creó la intendencia del Putumayo, segregada del departamento de Nariño, Mocoa se convirtió en su capital.
El 11 de marzo de 1981 Mocoa sufrió una toma guerrillera por el Movimiento 19 de abril (M-19).
La Constitución Política de 1991 la convirtió en capital del departamento del Putumayo, albergando las instituciones más importantes del departamento.
En 2017 sufrió una avalancha debido al desborde de los ríos Mocoa, Mulato y Sangoyaco a causa de fuertes lluvias, dejando a más de 320 personas muertas y a miles damnificadas