Ilhota: História
A colonização da região onde hoje é o município iniciou-se com a chegada dos Xoclengues e Caingangues que buscavam um local seguro dos caçadores de indígenas, os chamados bugreiros. Esses indígenas foram exterminados durante os séculos XVII e XIX.
Por volta de 1842 engenheiro e pesquisador Charles Maximiliano Luiz Van Lede, juntamente com Joseph Philippe Fontaine, geólogo Guilherme Bouliech e o escrivão policial José Alves de Almeida como guia, partiram para o Brasil com o intuito de avaliar as terras catarinenses para a instalação de uma colônia e negociar um contrato colonial com o Governo Imperial Brasileiro.
Em 24 de novembro de 1844, os primeiros 90 colonos belgas desembarcaram em uma pequena ilha, que atualmente ficaria no meio do rio Itajaí-Açu, exatamente em frente à igreja Matriz São Pio X. A ilha que deu origem ao nome da cidade desapareceu após o aumento do nível do rio, causado por duas grandes enchentes em 1880 e 1911.
Algumas árvores foram derrubadas para construir um grande barracão onde as famílias passaram os primeiros dias na nova terra. O reconhecimento oficial da colônia belga catarinense ocorreu em 28 de julho de 1845, com a aprovação do projeto pela Câmara de Deputados
Essa situação marcou o início de uma luta dos colonos pela legalização de suas terras. O distrito de Ilhota foi criado em 26 de agosto de 1930, através de um requerimento apresentado pelo deputado Marcos Konder, e sua instalação ocorreu em 14 de fevereiro de 1931.
O primeiro prefeito (provisório) foi Guilherme Alípio Nunes. O primeiro prefeito eleito foi José Köehler, que permaneceu no cargo de 31 de janeiro de 1959 a 31 de janeiro de 1964.
As enchentes do Vale do Itajaí em 2008 ocorreram depois de um período de grandes chuvas durante o mês de novembro de 2008 e devastaram vários municípios no vale do Itajaí. Ilhota foi muito afetada. No dia 23 de novembro, os ribeirões tornaram-se rios e as encostas encharcadas não aguentaram e cederam. Ao todo, 32 vidas foram soterradas pela lama e 1700 resgates aéreos foram realizados. Os prejuízos chegaram a R$ 30 milhões em infraestrutura pública e R$ 70 milhões em bens particulares e lavouras. A tragédia, de proporção histórica e repercussão internacional, mudou a vida de muitas famílias no complexo do Baú. No estado de Santa Catarina, oficialmente 135 pessoas morreram e 78 mil perderam suas casas ou ficaram temporariamente impedidas de voltar para seus lares. Até hoje, Ilhota está se restaurando da grande tragédia. Nos últimos censos demográficos, o município havia mostrado grandes quedas populacionais, pois muitos perderam suas casas e quiseram reconstruir longe dali, com medo de o desastre se repetir. No censo demográfico do Brasil de 2022, depois de anos, a população de Ilhota voltou a subir; após fortes investimentos, a cidade teve um aumento considerável na população.