Municipio de Tonaya: Historia
Tonaya, estaba situado al oriente del actual pueblo sobre los llanitos de unas lomas que aún guardan los restos de la capilla y cimientos de sus habitantes. Perteneció al cacicazgo de Tuxcacuesco, dependiente a su vez de la provincia de Amole. Esta provincia comprendía el territorio desde la falda de los volcanes de Colima hasta las playas de Barra de Navidad. El nombre se tomó de la raíz amole que usaban los naturales para lavar ropa.
Los fundadores de la provincia fueron Otomí Tlatoli, Tzamitlocy Tlayomich, quienes en unión de varios naturales salieron a poblar la provincia. Al establecerse, murieron numerosos indígenas y sus familias, Los sobrevivientes eligieron a Tzomitloc o Amole como cacique.
Desde 1825 perteneció al 4° cantón de Sayula hasta 1887 en que pasa a depender del 9° cantón de Zapotlán el Grande. Su erección como municipio es anterior a 1837 como se desprende del decreto del 6 de octubre de ese año.
Durante el siglo XIX hubo intensas migraciones de personas de origen francés, alemán, judío y nórdico, quienes venían en busca de oportunidades en las minas de oro y plata ubicada al norponiente de la población. La mayor parte de ellos se quedó a trabajar en haciendas. Por su condición de inmigrantes no católicos, muchos de ellos tuvieron que cambiar sus apellidos a otros más cristianizados. Solo una pequeña porción de apellidos se conserva intacta hasta la actualidad. Los descendientes de franceses y alemanes constituyen casi el 73% de la población total de Tonaya. Existen comunidades rurales donde el acervo genético se ha conservado íntegramente. Éstudios realizados en el 2004 por la U de G[cita requerida] demostraron que el 29.4% de la población posee ojos de color azul, 27% verdes y el resto tonos oscuros. Sin embargo, el 98% muestra rasgos caucasoides.