Municipio de Cumpas: Historia como municipio
El territorio que actualmente ocupa el municipio fue habitado primeramente por las tribus indígenas ópata y teguime en la época precolombina. En el siglo XVII exploradores y conquistadores españoles que junto a misioneros jesuitas llegaron a esta zona avanzando con la colonización de la Nueva España, y fue en 1634 cuando visitó este lugar el padre Tomás Basilio para evangelizar a los nativos. En 1643, el misionero jesuita Egidio Monteffio fundó las misiones de Nuestra Señora de la Asunción de Cumpas, que actualmente es la villa cabecera del municipio y la de San Juan Bautista de Sonora, lugar en el que en 1657 se descubrieron yacimientos de minerales y fue nombrado real de minas, también se cree que probablemente, ahí fue la primera vez que se utilizó el nombre de Sonora y se comenzó a utilizar en toda la región. En 1690, en San Juan se fundó el Presidio militar de las Fronteras, y aquí se establecía el gobernador de la provincia de Sonora, por lo que San Juan fue la primera capital en la historia de Sonora.
En 23 de octubre de 1854 se creó el departamento de Cumpas, en la división política de ese año, esto, adscrito al Distrito de Moctezuma, después el 3 de diciembre de 1862 se erigió por primera vez como una municipalidad después del decreto n.º 29 de la Ley Orgánica para el Gobierno y Administración Interior del Estado. En 1912 se suprimió el municipio y se agregó su territorio al de Nacozari. Para luego el 5 de diciembre de 1932 obtener de nuevo el cargo de municipio libre de forma definitiva gracias a la Ley Orgánica de Administración Municipal.