Municipio de Baviácora: Historia como municipio
El territorio que actualmente ocupa el municipio fue habitado primeramente por gente indígena ópata en la época precolombina, y fue visitado por primera vez en 1639 por conquistadores y exploradores españoles que junto a misioneros jesuitas avanzaron con la colonización de esta zona, ese año en padre portugués Bartolomé Castaño fundó aquí la misión religiosa Nuestra Señora de la Concepción de Baviácora, para evangelizar a los nativos, convirtiéndose años después en un centro de población.
A inicios del siglo XIX el territorio estuvo administrado por un juez de paz, y en la segunda mitad de siglo obtuvo por primera vez la categoría de municipio, bajo jurisdicción del entonces Distrito de Arizpe. Después el 26 de diciembre de 1930 bajo la Ley Número 68 perdió la municipalidad y fue incorporado al municipio de Arizpe. Y hasta el 13 de mayo de 1931 se rehabilitó como municipio libre e independiente definitivamente. Un año después el 13 de abril de 1932 se creó el municipio de Aconchi y el de Baviácora sufrió una reducción en su territorio, ya que el nuevo municipio se llevó bajo su jurisdicción varias localidades.