Guarujá: História
=== Povos indígenas ===
A Ilha de Santo Amaro surge em sua atual forma no final da Era Glacial, entre 20 000e 123 000 anos atrás, quando o Canal de Bertioga e o Estuário de Santos são abertos com a contínua elevação do nível do Oceano Atlântico e criam a atual ilha, separando-a do continente.[carece de fontes]?
Os primeiros habitantes foram os chamados povos dos sambaquis, grupo humano seminômade que habitou o litoral sul/sudeste brasileiro após o final da Era Glacial. Esses povos viviam da coleta de moluscos, conchas, mexilhões e demais alimentos marinhos, além de frutas e raízes, e caçavam pequenos animais e peixes. Não conheciam a agricultura e o único registro conhecido de sua existência são os montes de restos de conchas e outros dejetos dessas populações. Os montes são chamados de sambaquis e estão espalhados pelo litoral. Em Guarujá, foram localizados sambaquis nas praias da Ilha do Mar Casado e Pernambuco.[carece de fontes]?
Após a era dos sambaquis, a ilha passa a ser visitada por grupos tupi, que deram o primeiro nome à ilha: Guaibê (lugar de caranguejos) e também Guaru-ya (passagem estreita). Os tupis não habitaram a ilha, permanecendo no entorno da Serra do Mar e no Planalto Paulista, mas usavam a frequentavam a área para a colheita de sal e para a pesca.[carece de fontes]?
Em 22 de janeiro de 1502, os primeiros europeus pisaram na ilha. André Gonçalves e Américo Vespúcio aportaram na praia de Santa Cruz dos Navegantes, depois seguindo viagem à ilha de São Vicente.[carece de fontes]?
A ilha, pantanosa e acidentada, não atrai a atenção dos colonizadores portugueses, que preferem centrar esforços na vizinha ilha de São Vicente, esta mais ampla e salubre e contando com um acesso privilegiado ao Planalto Paulistano, através de trilhas indígenas. Apesar do desinteresse, alguns colonos portugueses acabaram se instalando na costa ocidental de Santo Amaro, sobrevivendo de agricultura de subsistência, pesca e reparos de embarcações utilizadas no estuário de Santos.[carece de fontes]?
Em 1543, quando da primeira divisão territorial brasileira, toda a região entre a ilha de Santo Amaro e a barra do rio Juqueririê (futuros municípios de Guarujá, Bertioga e parte de São Sebastião) é concedida a Pero Lopes de Sousa por seu irmão Martim Afonso de Sousa, sob o nome de capitania de Santo Amaro. A capitania, sem recursos naturais de importância e sem ligações com o Planalto, não se desenvolve. As únicas ações visando a ocupar o território são a construção dos fortes de São João e São Filipe, destinados a proteção do porto do Santos, uma beneficiadora de óleo de baleia no extremo norte da ilha, na desembocadura do Canal de Bertioga, e a ação de alguns grupos de jesuítas para a catequese de índios.[carece de fontes]? …