文京区: 歴史
=== 近世以前 ===
現在の文京区に人が住み始めたのはおよそ18,000年前ごろの旧石器時代と考えられている。区内28カ所に縄文遺跡が確認され、本郷台地周辺で貝塚と縄文土器が多数発見されている。1884年（明治17年）に向ヶ丘弥生町（現在の弥生1丁目）で発見された土器は、その発見地から弥生土器と命名され、弥生時代の名の由来となっている。
1896年（明治29年）に六義園（本駒込6丁目）から本郷通りの東側（現在の本駒込5丁目）で弥生後期の遺跡が発見されている。豊島区と文京区の区界にまたがって広がる遺跡である。
令制国としては武蔵国の一部であった。中世に至り上杉氏の支配下に入り、太田氏や豊島氏などの豪族の影響を受けた。戦国時代には相模国から進出した後北条氏の支配地となり、徐々に発展していったようである。
天正18年（1590年）、徳川家康の江戸入府により、武家屋敷や寺社が建った。江戸時代には徳川光圀（水戸黄門）で有名な徳川御三家の一つ、水戸徳川家屋敷をはじめ、徳川家康の生母である於大の方が埋葬された伝通院、五代将軍徳川綱吉の生母桂昌院の願いにより創建された護国寺などの寺社が立ち並んだ。
江戸時代中期には区域の多くが市街化し、後期には中山道の街道筋に商店が建ち並ぶなど商業が活発化した。（その後、明治時代に入り、武家屋敷の広大な跡地は、大学及び軍用地などに転用された。）
区内には、幕府の官学の府ともいうべき湯島聖堂、昌平坂学問所があった。
三代将軍徳川家光の乳母である春日局、大奥の奥女中であった音羽が土地を拝領した事から「春日」「音羽」という地名として現代も使われる。また、神田上水が区内に敷設され、これに由来する地名として「水道」がある。
白山御殿は、五代将軍徳川綱吉の将軍就任以前、館林候時代の屋敷で、もと白山神社の跡であったので「白山御殿」と言われた。綱吉の将軍職就任後は、御殿跡を幕府の薬草園とした。享保7年（1722年）、園内に、映画『赤ひげ』で知られるようになった小石川養生所が設けられた。また、享保20年（1735年）には青木昆陽が甘藷（サツマイモ）を試験栽培した。明治になってからは東京大学の付属植物園となった。
1868年の戊辰戦争では、大村益次郎らに率いられた新政府軍が、加賀藩上屋敷（現在の東京大学本郷キャンパス）に佐賀藩のアームストロング砲や四斤山砲を設置し、上野山（台東区）に立てこもる彰義隊に対し不忍池を越えて砲撃を行った。
戦前の文京区の歴史
1878年（明治11年）、郡区町村編制法により小石川区と本郷区が成立。広大な加賀前田家の屋敷跡に帝国大学（現：東京大学）が設置された。帝大周辺に出版社が集まり、それに伴って多くの文人達も移り住み、坪内逍遥、森鷗外、夏目漱石、樋口一葉などが居を構えた。その後は都市化が進んだが、本郷通りなどの大通りから一歩住宅街へ入ると江戸や明治の名残ある場所が多数残されている。
昌平坂学問所跡に師範学校、女子師範学校が設立され、東京大学が現在地に移転を完了し、文教地区文京の特色が鮮明になった。一方、水戸徳川家の上屋敷内の庭園が現在の小石川後楽園となり、五代将軍徳川綱吉の大老柳沢吉保の六義園が返還され、国の名勝になるなど、都心の貴重な緑地を今に残している。
1924年（大正13年）音羽一丁目に鳩山一郎が私邸を建設する。現在は鳩山会館として一般に公開されている。音羽の地に建つ事から音羽御殿とも呼ばれ、NHK「連続テレビ小説 虎に翼」等、多数のドラマのロケ地としても使われている。鳩山由紀夫、鳩山邦夫兄弟もこの邸宅で育った。
1932年（昭和7年）、血盟団事件において井上準之助蔵相が本郷区の駒本小学校での演説会において暗殺される。
1937年（昭和12年）、東京砲兵工廠の跡地に後楽園スタヂアム（現在の東京ドーム）が誕生し、戦後のプロ野球復活と共に娯楽地として発展する。
戦後の文京区の歴史
1947年（昭和22年）、市街地編成として小石川区と本郷区が合併し文京区が誕生（1947年（昭和22年）3月5日公布、同年3月15日施行）。
1951年（昭和26年）3月1日、文京区歌を制定。
1953年（昭和28年）田中角栄が目白通り奥の日本石油の社宅跡地を購入。1966年（昭和41年）まで周囲の土地も購入し、1967年（昭和42年）には信濃飯田藩の藩主一族堀家の下屋敷跡も購入し、目白台に「目白御殿」と呼ばれる私邸が完成した。また、1971年（昭和47年）頃には水戸徳川家第13代当主徳川圀順が所有していた軽井沢の別荘を購入し、現在は国の登録有形文化財に登録されている。水戸徳川家の別荘は徳川慶喜家の別荘と近かった事から、慶喜の孫榊原喜佐子・井出久美子が少女時代に招かれた写真が残されている。
1954年（昭和29年）12月10日、鳩山 一郎が第52代内閣総理大臣に就任する。
1965年（昭和40年）ごろ、東京都内の住居表示（町名）変更に伴い、区内の町名が大規模に変更された。これに伴い1965年9月15日には、区内を走っていた東京都電車や東京都バスの39箇所の停留所名も変更されている。
1969年（昭和44年）ごろ、学生運動が活発化し、過激化の傾向の頂点を見せる。1969年1月18日には東大安田講堂事件が発生したほか、同年9月30日には本富士警察署および文京区立第四中学校（後に第二中学校と統合）に、それぞれ6本の火炎瓶が投げ込まれて炎上する事件が起きた。
1972年（昭和47年）7月7日、田中角栄が第64代内閣総理大臣に就任する。
1984年（昭和59年）10月15日、森まゆみ、山崎範子、仰木ひろみ、つるみよしこ達が地域情報雑誌『谷根千』を創刊した。
1993年（平成5年）8月9日、目白台の熊本藩細川侯爵家で少年時代を過ごした肥後熊本藩細川家18代当主細川護熙が第79代 内閣総理大臣に就任する。
1999年（平成11年）、都心回帰の傾向を反映して35年ぶりに人口増加へ転じている。このころからマンション建設が盛んに行われている。
2009年(平成21年)9月16日、音羽の鳩山邸(鳩山会館)で育った鳩山由紀夫が第93代 内閣総理大臣に就任する。
戦後復興や高度成長による東京都心部の過密解消を目的とした工場等制限法は大学も対象とされ、大学の郊外移転（多摩地域や埼玉県など）が進んだ。現在では工場等制限法が廃止され、拓殖大学のように文京区を含む都心へキャンパスを回帰させる大学が目立つ。
文京区は典型的な瑞祥地名である。区の名称は「文京」の名が簡潔で書きやすく、“文教の府”という区のイメージと一致しているとして、両区の区議会で採用された。その他の区名案には「京北区」「春日区」「湯島区」 「富士見区」「音羽区」「山手区」「白山区」「駒込区」「弥生区」「八千代区」「後楽区」「大和区」「曙区」「城北区」「常盤区」などがあった。